Eclipseから起動したプログラムの終了時にunexpected errorとか言われると思っていたらSystem.exit() していたのが原因だった。main内だから許してもらえるかと思ったのにダメだった。SWINGのプログラムをSystem.exit()無しに終了させるのはちょっと面倒。結構、スレッドが残り、プログラム自体は終了していないことが多い。全てのウィンドウをdisposeし、全ての自分で起動した全てスレッドを終了させたらちゃんと終ってくれた。